وإضافة إلى أنظمة الجودة السابقة تقوم الشركة بتطبيق نظام الأيزو لنظم 2000/ 9001 لصناعات الأغذية والمشروبات المعروفة بنظام تحليل المخاطر ونقاط التحكم الحرجة HACCP .
كما أن جميع مصانع وقطاعات شركة السكر والصناعات التكاملية المصرية قد حصلت على شهادات نظم إدارة الصحة والسلامة المهنية OHSAS 18001 في عام 2007م .
هذا ويتم إجراء المراجعات الدورية السنوية من قبل الجهات المانحة للشهادات عاليه للتأكد من كفاءة وفاعلية هذه الأنظمة وذلك طبقا لمتطلبات نظم هذه الإدارات مما يؤهل الشركة للاحتفاظ بشهادات هذه النظم بكافة أنواعها .
